在历史上，有两种主要的古代自然瘟疫病菌携带者(和一种中间携带者)，瘟疫就在这些具有高度免疫力的野生动物间无害地传播。喜玛拉雅山脉和非洲中部及东部(以及中世纪的亚洲大草原)，曾一度是在数个世纪里席卷欧洲以及世界每一个角落的瘟疫的终极发源地。
如果非洲东部地区是瘟疫的一个古代病源区的活，那么为什么瘟疫会在公元6世纪的第二个25年里，突然从病源区当中爆发呢?为什么它会在半休眠了数百年之后，訇然开启其细
菌库的大门，继而如洪水般淹没这个世界呢？
由美国疾病控制中心对幸存的瘟疫病源区所进行的调查证明，大多数瘟疫的爆发都是由突发而剧烈的气候变化引发的。在严重的干旱之后继之以正常的天气，也会引起瘟疫的爆发；大规模的过量降雨，特别是在干旱之后发生这样的降雨，则最有可能引发瘟疫的四处蔓延。
在发生“大规模的过量降雨”的情况下，植物的生长大大增加。这样，就有了更多的食物，而野生的、“具有瘟疫免疫力”同时又是瘟疫病菌携带者的啮齿类动物，则会大量繁殖。啮齿类动物的数量达到了如此庞大的地步，以至于它们相对于以它们为食的食肉动物的生存率大大增加，并由此引发繁殖激增。为了寻找它们的草料领地，啮齿类动物的活动区域必然扩大。同时，在几个月的时间里，这些携带着瘟疫的野生动物便无情地向外扩散了。很快地，这些生物与其他没有携带瘟疫的啮齿类动物有了接触，进而将疾病传染给人群。
在发生“干旱”的情况下，由于缺乏雨水和食物，野生的“具有瘟疫免疫力”同时又是瘟疫病菌携带者的啮齿类动物以及体型较大的食肉动物大量死亡。但是，一旦干旱结束，较之繁殖速度较慢的食肉动物而言，啮齿类动物以其快速的繁殖速度、更多的产仔量以及更短的孕育周期，得以迅速恢复其数量。这样，在几年之内，狩猎者与猎物之间巨大的不平衡，就会向猎物一方倾斜了。繁殖激增的情况由此发生，而瘟疫大量滋生的啮齿类动物则如野火般蔓延开来。
所有的情况当中最具戏剧性的，还是发生在严重的干旱继之以激增的降雨这种情况之下。这种情况恰恰与非洲东部地区在530年代世界范围的气候混乱期间所发生的情况极为相似。据我们所知，瘟疫源自非洲东部并在541年登陆埃及。瘟疫需要气候的激发作用，以将其从地处偏远的“野生动物”库中“解放”出来。另外，一次大规模的世界范围的气候紊乱，确实就恰恰发生在这一时期。携带有瘟疫病菌的啮齿类动物与其他的动物，在这一过程当中就像离开闸门的洪水一样凶猛。
历史留下了6世纪在地中海地区东部瘟疫所造成的死亡率情况以及有关6世纪不列颠岛西南部的定居地湮灭的证据。另外有记录表明，在欧洲北部，其中包括不列颠岛西南部，瘟疫的传播比温暖、干燥的欧洲大陆南端更为容易，更为迅速。在干燥的地中海地区瘟疫病菌只能生存数分钟，而在潮湿阴冷的天气下，瘟疫病菌的生存时间长达几个小时。不论是干燥的地区还是潮湿的地区，都会因跳蚤的叮咬传播而感染瘟疫。但是，除此之外，不列颠岛上还更容易受到空气传播的瘟疫病菌的感染，这些瘟疫病菌根本无需跳蚤叮咬传播的帮助就能使人直接吸入。这些都清楚地表明瘟疫和一个地区的气候和生态之间的关联。